Sejak disahkan Peraturan Bupati Nomor 122 Tahun 2019 pada tanggal 25 Nopember 2019, Dinas Pendidikan Kabupaten Halmahera Tengah memiliki Susunan Organisasi baru sebagai berikut: 

• Kepala Dinas;
• Sekretariat, membawahkan:
  1. Sub Bagian Umum;
  2. Sub Bagian Kepegawaian;
  3. Sub Bagian Keuangan.
• Bidang Pembinaan Sekolah Dasar,  membawahkan:
  1. Seksi Kurikulum dan Guru Tenaga Kependidikan SD;
  2. Seksi Peserta Didik SD;
  3. Seksi Kelembagaan dan Sarana Prasarana SD.
• Bidang Pembinaan Sekolah Menengah Pertama, membawahkan:
  1. Seksi Kurikulum dan Guru Tenaga Kependidikan SMP;
  2. Seksi Peserta Didik SMP;
  3. Seksi Kelembagaan dan Sarana Prasarana SMP.
• Bidang Pembinaan Pendidikan Anak Usia Dini dan Pendidikan Masyarakat, membawahkan:
  1. Seksi Kurikulum dan Guru Tenaga Kependidikan Pendidikan Anak Usia Dini dan Pendidikan Masyarakat;
  2. Seksi Pendidikan Anak Usia Dini;
  3. Seksi Pendidikan Masyarakat.
• Bidang Perencanaan dan Program, membawahkan:
  1. Seksi Data, Perencanaan dan Program;
  2. Seksi Monitoring, Evaluasi dan Pelaporan;
  3. Seksi Pengembangan, Bantuan Pemerintah dan Kerja Sama.
• Kelompok Jabatan Fungsional.